ظل الإمام عبد السلام ياسين شغوفاً بطلب العلم من مصادره المتنوعة، وبالمطالعة المتواصلة للكتب والمؤلفات سواء في بيته أو سجنه، في حله أو ترحاله. وكان التأليف معينا لا ينضب لتأسيس فكر إسلامي قادر على التفاعل مع هموم الأمة وحاجاتها المتجددة في الزمان والمكان.
بالعربية :
الإسلام بين الدعوة والدولة، 1972
الإسلام غدا، 1973
الإسلام أو الطوفان (رسالة مفتوحة إلى الملك الراحل، وقد كان طبعها وتوزيعها بطريقة لم يقصد بها عموم الناس)، 1974
حوار مع النخبة المغرَّبة (مترجم)، 1980
رسالة القرن الملكية في ميزان الإسلام، 1980
المنهاج النبوي تربية وتنظيما وزحفا، 1982
الإسلام وتحدي الماركسية اللينينية، 1987
الرجال (الجزء الأول من سلسلة «الإحسان»)، 1988
مقدمات في المنهاج، 1989
الإسلام والقومية العلمانية، 1989
نظرات في الفقه والتاريخ، 1989
شذرات (ديوان شعر)، 1992
محنة العقل المسلم بين سيادة الوحي وسيطرة الهوى، 1994
حوار مع الفضلاء الديمقراطيين، 1994
رسالة تذكير (الرسالة الأولى من سلسلة «رسائل الإحسان»)، 1995
في الاقتصاد: البواعث الإيمانية والضوابط الشرعية، 1995
رسالة إلى الطالب والطالبة، إلى كل مسلم ومسلمة (الرسالة الثانية من سلسلة «رسائل الإحسان»)، 1995
تنوير المؤمنات (في جزأين)، 1996
الشورى والديمقراطية، 1996
المنظومة الوعظية ( الرسالة الثالثة من سلسلة «رسائل الإحسان»)، 1996
حوار الماضي والمستقبل، 1997حوار مع صديق أمازيغي، 1997
الإحسان، الجزء الأول، 1998
كيف نجدد إيماننا، كيف ننصح لله ورسوله (الكتاب الأول من سلسلة «دروس المنهاج النبوي»)، 1998
الفطرة وعلاج القلوب (الكتاب الثاني من سلسلة «دروس المنهاج النبوي»)، 1998
الإحسان، الجزء الثاني، 1999
مذكرة إلى من يهمه الأمر (رسالة نصيحة بالفرنسية إلى الملك محمد السادس وترجمت إلى اللغة العربية وغيرها من اللغات)، 1999
سلامة القلوب (الكتاب الثالث من سلسلة «دروس المنهاج النبوي»)، 1999
اقتحام العقبة (الكتاب الرابع من سلسلة «دروس المنهاج النبوي»)، 1999
العدل : الإسلاميون والحكم، 2000
قطوف (ديوان شعر طبع منه ثلاثة أجزاء)، 2000
الإسلام والحداثة (مترجم)، 2000
الرسالة العلمية، 2001
الخلافة والملك، 2001
رجال القومة والإصلاح، 2001
يوم المؤمن وليلته، 2002
الثمن (الكتاب الخامس من سلسلة «دروس المنهاج النبوي»)، 2004
سنة الله، 2005
مقدمات لمستقبل الإسلام، 2005
يوم المؤمن وليلته (طبع في كتاب بالعربية والإنجليزية)، 2007
إمامة الأمة، 2009
القرآن والنبوة، 2010
جماعة المسلمين ورابطتها، 2012
بالفرنسية :
La révolution à l'heure de l'ISLAM, 1980
Pour un dialogue avec l'élite occidentalisée, 1980
Islamiser la modernité, 1998
Mémorandum à qui de droit (Lettre ouverte à Mohamed IV, roi du Maroc), 1999
ترجم للإنجليزية :
Memorandum: To Him Who Is Concerned (Traslation of an open letter in French to the country’s new king, Mohamed VI), 1999
Winning the Modern World for Islam, 2000
The Muslim Mind on Trial: Divine Revelation versus Secular Rationalism, 2003
Day and Night Schedule of the Believer (A book in Arabic and English), 2007
ترجم للألمانية :
Memorandum an wen es angeht, 1999
Islamischer Vernunftappell an die Moderne, 2000
ترجم للتركية :
Nebevi Yöntem Eğitim-Yapılanma-Hareket, 2012
Sünnetullah, 2012
Hilafet Ve Saltanat, 2012
Direliş Ve Islah Önderleri, 2012